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奥力给——基迪奥喊你发文章啦!

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迅猛龙

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发表于 2020.11.19 09:49:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 基迪奥-Jt桃 于 2020.11.19 09:49 编辑

截止10月,基迪奥客户2020年已经发表300余篇SCI论文,累计影响因子达1013+,从图1可以看出,基迪奥客户平均每月发表31篇文章,达到了一天一篇SCI的速度!

图1 2020年1-10月基迪奥客户文章发表情况

9-10月基迪奥助力客户文章发表89篇,包含发表在Molecular Cancer、Journal of Hazardous Materials、Redox Biology等期刊在内的IF 8+文章7篇,IF 5+文章16篇,涵盖人、小/大鼠、植物、微生物、水产生物、家禽等多个研究领域,运用了10x scRNA-seq、RNA-seq、lncRNA-seq、circRNA-seq、meta 16s、ITS、宏基因组、代谢组,蛋白组等多种测序技术。

图2 2020年9-10月基迪奥客户发表高分文章汇总

而基迪奥生物为客户提供的不仅仅是测序服务,更重要的是售前专业的技术咨询团队和售后定制化的数据挖掘服务,提供优质化的技术支持到客户文章发表!如此给力的生信团队,快来pick吧!

说了这么多,可能还是不够动人,那我们就来看看9-10月基迪奥助力客户发表的高分SCI代表吧,为你揭秘我们的助力秘诀~

单细胞转录组

scRNA-seq是新兴热门的测序技术,利用scRNA-seq技术从单细胞这一新的层面揭示生物学问题有助于高分文章的快速发表。9-10月基迪奥客户借助scRNA-seq技术发表了2篇IF 5+的高分文章,以下面这篇文章为例,看一下我们是如何助力的。

scRNA-seq揭示免疫细胞在vsir-/-小鼠牛皮癣组织中的功能
Single-cell RNA-Seq reveals the transcriptionallandscape and heterogeneity of skin macrophages in vsir-/- murine psoriasis

发表期刊:Theranostics
影响因子:8.579
客户单位:中国药科大学

研究思路:


主要内容:

本文作者利用单细胞转录组技术构建了全局细胞图谱(图3A),并利用细胞群数量占比差异分析以及组间细胞群组成差异分析,筛选到与vsir-/-突变小鼠牛皮癣疾病进展相关的关键细胞群,巨噬细胞亚群、树突状细胞亚群、成纤维细胞亚群,然后利用差异分析(图3B)、拟时分析、GO富集分析(图3C)以及分子实验验证对各细胞亚群展开精细分析,揭示了vsir-/-的敲出激活了免疫细胞,抑制了小鼠牛皮癣疾病的进展,为研究vsir-/-在牛皮癣疾病中的功能提供了一个新的研究思路,并为后续深入研究牛皮癣疾病奠定了一个基础。

图3 单细胞转录组技术揭示巨噬细胞在vsir-/-小鼠牛皮癣组织中的功能

小结:

这篇文章从测序、数据分析挖掘到SCI结果图绘制均有基迪奥协助客户完成,其中差异基因GO富集圈图是我们公司特有的分析结果图,该圈图集GO term基因总数、差异上调基因数、差异下调基因数、富集因子信息于一体,图形不仅信息丰富而且精美直观。

转录组

随着长链非编码RNA,小RNA,环状RNA研究的兴起,转录组测序不再仅限于mRNA了,技术也相应拓展至对非编码/小RNA/环状RNA的检测。9-10月基迪奥客户借助转录组技术发表了8篇IF 5+的高分文章,我们以下面这篇研究环状RNA文章为例,揭秘一下助力转录组研究的秘诀~

来源环状RNA的多肽可成为三阴性乳腺癌的新治疗靶点
Circular HER2 RNA positive triple negative breast cancer is sensitive to Pertuzumab

发表期刊:Molecular Cancer
影响因子:15.302
客户单位:中山大学附属第一医院

研究思路:


主要内容:

文章先通过RNA-seq技术和生物信息学分析,基于差异表达的mRNA和circRNA锁定独立于mRNA发挥作用的697个差异circRNA(图4A),利用WGCNA分析挖掘到来源于乳腺癌关键标记基因HER2的环状RNA circ-HER2(图4B),并构建了circ-HER2调控的基因网络(图4C)。然后再用IRES活性验证、亚细胞定位、蔗糖密度梯度离心等多种方法证明circ-HER2可以翻译多肽HER2-103。最后分子实验验证circ-HER2在三阴性乳腺癌进展中的作用,揭示了circ-HER2可以作为三阴性乳腺癌新的治疗靶点。

图4 WGCNA挖掘三阴性乳腺癌中核心circRNA circ-HER2

小结:

这篇文章是基迪奥合作客户中山大学附属第一医院的张弩教授发表的第三篇环状RNA研究类文章。这篇文章我们提供了mRNA/circRNA测序及数据分析服务,主要协助客户利用高通量测序技术挖掘新的关键circRNA,作为癌症研究新的切入点,从这篇文章可以看出组学分析是推进课题开展一种有效的方式。

微生物

meta 16s、ITS是微生物研究最常用的测序技术,具有经济、分析简单、鉴定准确等优势,对于微生物邻域的初涉者是最适合不过的。而宏基因组作为微生物研究高阶版测序技术,可以同时获得群落中全部微生物的全部基因组信息,包含多种复杂分析点可以进行功能的深入挖掘,对于已有微生物研究基础的学者,宏基因组无疑是一大利器。9-10月基迪奥客户借助16s/宏基因组技术发表了5篇IF 5+的高分文章,以下面这篇16s文章为例,介绍一下我们是如何助力于微生物研究的。

16S rRNA-seq揭示桔小实蝇卵面细菌与产卵厌恶的间接关系
Egg-Surface Bacteria Are Indirectly Associated with Oviposition Aversion in Bactrocera dorsalis

发表期刊:Current Biology
影响因子:9.601
客户单位:华南农业大学

研究思路:


主要内容:

文章基于前期研究细菌促进植物释放石竹烯,抑制果蝇产卵现象,推测卵表面微生物会参与石竹烯释放过程,因此,作者利用16s rRNA-seq技术对卵表面微生物群落进行分析,分析结果显示不同时期卵表面细菌群落OTUs丰度(图5A)和shannon多样性存在显著差异(图5B)与PCoA分析结果一致(图5C)。普罗维登西亚(Providencia sp.)和克雷伯氏菌(Klebsiella sp.)是卵表面优势菌(图5D),菌株分离后进行生物学实验进行功能验证(图5E),结果表明,番石榴表面接种Providencia sp.或Klebsiella sp. 后果蝇产卵量显著下降,与此同时,番石榴释放的石竹烯含量明显增加。

图5 卵表面微生物Providencia sp. 和Klebsiella sp.促进番石榴释放石竹烯,抑制果蝇产卵。

小结:

这篇文章基迪奥为客户提供16s rRNA测序及数据分析服务,协助客户从微生物群落分析结果中寻找优势菌株,以优势菌株作为核心研究对象,结合生物学实验揭示果蝇产卵阻滞机制,这种组学分析加实验验证的设计思路是一种常用的研究套路。

多组学联合运用

从中心法则中我们可以看出DNA-RNA-蛋白质之间是互相调控的,也就是说从RNA的变化可以推断DNA和蛋白质的变化,但由于调控网络的复杂性,单一组学的推断会出现趋势不符现象,比如mRNA水平发生变化的基因,蛋白水平并未改变,这时候加入蛋白质组联合分析,可以有效锁定核心基因进行后续深入研究。

下面以联合运用转录组和代谢组的客户文章,展示一下我们的多组学助力~

RNA-seq+非靶代谢组揭示葡萄糖合成酶1(GYS1)在透明细胞癌(ccRCC)糖原积累和疾病进展中的功能
GYS1 induces glycogen accumulation and promotes tumor progression via the NF-κB pathway in Clear Cell Renal Carcinoma

发表期刊:Theranostics
影响因子:8.579
客户单位:中山大学附属肿瘤医院

研究思路:


主要内容:

文章基于前期研究结合临床数据发现葡萄糖合成酶1(GYS1)在透明细胞肾癌(ccRCC)病人中明显高表达,可以作为一个有效的预后标志。作者首先利用非靶代谢组检测了GYS1敲除前后肾癌细胞(Caki)细胞代谢水平的变化,PCA(图6A)以及差异分析(图6B)结果显示正常高表达GYS1的Caki细胞中葡萄糖的下游代谢物6-磷酸果糖显著增加,有利于糖原合成,揭示了ccRCC病人糖原积累过程中的代谢变化。

作者进一步利用RNA-seq技术挖掘GYS1在ccRCC中的分子作用机制,对GYS1敲除前后Caki细胞中差异表达的基因进行GO/KEGG富集分析(图6C),结果显示,差异基因主要富集在TNF信号通路,并且其下游NF-kB信号通路基因发生显著变化(图6D),推断GYS1通过激活NF-kB信号通路促进细胞增殖。最后分子实验验证GYS1通过RPS27A激活了NF-kB信号通路(图6E)。

图6 GYS1通过RPS27A激活NF-kB信号通路促进ccRCC细胞增殖

小结:

这篇文章基迪奥协助客户从代谢组和转录组两个层面揭示核心基因GYS1在ccRCC中的功能,助力客户从组学分析结果中寻找与表型相关的关键基因,是生物学问题研究中的常用策略。

以上就是部分高分客户文章简要解读,相信看到这里,你对基迪奥的助力秘诀有了更加直观的认识,我们在单细胞、转录组、微生物、蛋白代谢邻域都有十分丰富的经验,心动了么?快来pick基迪奥,携手一起发paper吧~

参考文献:

[1] Qie C, Jiang J, Liu W, Hu X, Chen W, Xie X, Liu J. Single-cell RNA-Seq reveals the transcriptional landscape and heterogeneity of skin macrophages in Vsir-/- murine psoriasis. Theranostics. 2020 Aug 21;10(23):10483-10497. doi: 10.7150/thno.45614.
[2] Li J, Ma M, Yang X, Zhang M, Luo J, Zhou H, Huang N, Xiao F, Lai B, Lv W, Zhang N. Circular HER2 RNA positive triple negative breast cancer is sensitive to Pertuzumab. Mol Cancer. 2020 Sep 11;19(1):142. doi: 10.1186/s12943-020-01259-6.
[3] Li H, Ren L, Xie M, Gao Y, He M, Hassan B, Lu Y, Cheng D. Egg-Surface Bacteria Are Indirectly Associated with Oviposition Aversion in Bactrocera dorsalis. Curr Biol. 2020 Sep 10:S0960-9822(20)31270-7. doi: 10.1016/j.cub.2020.08.080.
[4] Chen SL, Huang QS, Huang YH, Yang X, Yang MM, He YF, Cao Y, Guan XY, Yun JP. GYS1 induces glycogen accumulation and promotes tumor progression via the NF-κB pathway in Clear Cell Renal Carcinoma. Theranostics. 2020 Jul 14;10(20):9186-9199. doi: 10.7150/thno.46825.

本文作者:基迪奥-September



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