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喏,最新的富集分析组合气泡图画法拿去~

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迅猛龙

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发表于 2020.11.9 09:45:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 基迪奥-Jt桃 于 2020.11.9 09:48 编辑

最近,OmicShare又上新了非常多的小工具,除了在《你会画这种富集圈图吗?》一文中介绍过的富集圈图工具,另一款富集分析气泡图工具也备受关注,绘图效果如下。


组合图表中,气泡图的横轴为上下调标准化系数(up-down normalization),纵轴为-log10Pvalue,不同的颜色则表示不同的功能分类,橙色阈值线为Pvalue =0.05;而右侧的表格为Pvalue值最小的20个GO term。通过这张图表可以直观展示不同功能分类中显著富集的功能。

Tips:
up-down normalization=(上调差异基因数-下调差异基因数)/(上调差异基因数+下调差异基因数)

那么,如何绘制这般好看的气泡图呢?无需编程,使用OmicShare 最新的富集差异气泡图工具就可以啦!


工具链接:
https://www.omicshare.com/tools/

数据准备

关于GO富集分析的教程可参考《如何轻松完成GO、KEGG富集分析》一文,这里需要注意的是在准备目的基因列表时需多增加“log2FC”一列,如下:


同时,在做富集分析的时候,类型参数要选择“diff”,如下图,更详细的步骤可观看工具页面的视频教程。


本文的数据来自于OmicShare GO富集分析的结果文件,如下图,接下来主要使用GO富集结果中的“作图数据”绘制组合气泡图。


数据的准备参照下表,删掉多余的列,仅保留必需的6列数据即可。


注意,把Excel中整理好的数据文件另存为“制表符分隔的”txt文件,如下, OmicShare和几乎所有的生信工具一样不支持Excel格式。另外,表格中避免出现中文、空格、特殊符号比如()、?、*、[ ]、$ 等。


选择文件按钮,在弹出的选择文件窗口点浏览本地文件按钮,选择刚才准备好的表格(制表符分隔的文本文件)。如果数据需要反复使用,可将表格上传到我的数据,直接使用云端数据。


如果需要下载示例文件,大家都可以点击示例文件,进入范例数据页面,通过右键/另存为,将数据保存为文本文件,然后可上传示例文件用于作图练习。

参数调整

任务编号会随机生成,点击提交按钮,到我的任务页面可以查看任务状态,大约5秒左右刷新任务状态即可,然后点跳转查看。点击刷新任务状态按钮,可查看初始绘制效果,也可以切换到最下面的任务编号,查看之前分析的结果,初始的绘制效果如下:


初始的结果已经很漂亮了,接下来在全局修改选项下修改“气泡”的透明度、描边、坐标轴刻度等,方法如下:


接着,在颜色修改选项下,可以对气泡图的配色进行自定义调整,如下。


当然,还可以在气泡修改选项下自定义气泡的大小。


图片导出

调整满意后,设置图表的宽度,点下载按钮下载图片即可。OmicShare tools支持下载svg格式的矢量图,便于后期在Ai(Adobe illustrator)中调整,或直接在word、PPT中使用。


修改右边表格的标题,最终得到的组合图如下:


如果喜欢描边气泡图,也可以在全局修改选项下勾选描边,效果如下。


更详细的作图步骤可以在基迪奥生物的视频号观看,之后还会有更多优质内容在视频号发布,欢迎关注并分享给朋友圈其他的小伙伴~

更多免费教程可到B站通过搜索关注“基迪奥生物”进行观看,今天的内容就到这里啦~



本文作者:基迪奥-莫北
      


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发表于 2020.11.9 15:20:24 | 显示全部楼层
这个图好漂亮啊,我好喜欢啊
好忙好忙呀
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钵水母

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好实用,谢谢啦
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优秀,
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发表于 2020.11.13 11:32:43 | 显示全部楼层
666  学习了
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图不错,Mark一下
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实用,非常感谢
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