迅猛龙
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本帖最后由 基迪奥-Jt桃 于 2020.11.9 09:48 编辑
最近，OmicShare又上新了非常多的小工具，除了在《你会画这种富集圈图吗？》一文中介绍过的富集圈图工具，另一款富集分析气泡图工具也备受关注，绘图效果如下。
组合图表中，气泡图的横轴为上下调标准化系数（up-down normalization），纵轴为-log10Pvalue，不同的颜色则表示不同的功能分类，橙色阈值线为Pvalue =0.05；而右侧的表格为Pvalue值最小的20个GO term。通过这张图表可以直观展示不同功能分类中显著富集的功能。
Tips:
up-down normalization=（上调差异基因数-下调差异基因数）/（上调差异基因数+下调差异基因数）
那么，如何绘制这般好看的气泡图呢？无需编程，使用OmicShare 最新的富集差异气泡图工具就可以啦！
工具链接：
https://www.omicshare.com/tools/
数据准备
关于GO富集分析的教程可参考《如何轻松完成GO、KEGG富集分析》一文，这里需要注意的是在准备目的基因列表时需多增加“log2FC”一列，如下：
同时，在做富集分析的时候，类型参数要选择“diff”，如下图，更详细的步骤可观看工具页面的视频教程。
本文的数据来自于OmicShare GO富集分析的结果文件，如下图，接下来主要使用GO富集结果中的“作图数据”绘制组合气泡图。
数据的准备参照下表，删掉多余的列，仅保留必需的6列数据即可。
注意，把Excel中整理好的数据文件另存为“制表符分隔的”txt文件，如下， OmicShare和几乎所有的生信工具一样不支持Excel格式。另外，表格中避免出现中文、空格、特殊符号比如（）、？、*、[ ]、$ 等。
点选择文件按钮，在弹出的选择文件窗口点浏览本地文件按钮，选择刚才准备好的表格（制表符分隔的文本文件）。如果数据需要反复使用，可将表格上传到我的数据，直接使用云端数据。
如果需要下载示例文件，大家都可以点击示例文件，进入范例数据页面，通过右键/另存为，将数据保存为文本文件，然后可上传示例文件用于作图练习。
参数调整
任务编号会随机生成，点击提交按钮，到我的任务页面可以查看任务状态，大约5秒左右刷新任务状态即可，然后点跳转查看。点击刷新任务状态按钮，可查看初始绘制效果，也可以切换到最下面的任务编号，查看之前分析的结果，初始的绘制效果如下：
初始的结果已经很漂亮了，接下来在全局修改选项下修改“气泡”的透明度、描边、坐标轴刻度等，方法如下：
接着，在颜色修改选项下，可以对气泡图的配色进行自定义调整，如下。
当然，还可以在气泡修改选项下自定义气泡的大小。
图片导出
调整满意后，设置图表的宽度，点下载按钮下载图片即可。OmicShare tools支持下载svg格式的矢量图，便于后期在Ai(Adobe illustrator)中调整，或直接在word、PPT中使用。
修改右边表格的标题，最终得到的组合图如下：
如果喜欢描边气泡图，也可以在全局修改选项下勾选描边，效果如下。
更详细的作图步骤可以在基迪奥生物的视频号观看，之后还会有更多优质内容在视频号发布，欢迎关注并分享给朋友圈其他的小伙伴~
更多免费教程可到B站通过搜索关注“基迪奥生物”进行观看，今天的内容就到这里啦~
本文作者：基迪奥-莫北
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发表于 2020.11.9 09:45:35
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