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[转录组] 转录组的SNP和基因组的SNP有什么区别?各自有什么优势?

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帝王蝶

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发表于 2020.7.21 09:08:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

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迅猛龙

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发表于 2020.7.22 10:25:45 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2020.7.24 15:14:17 | 显示全部楼层
我也想想知道,学习学习
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钵水母

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发表于 2020.7.25 22:32:37 | 显示全部楼层
写的很好 但是我还是只想要奥币
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发表于 2020.7.27 09:28:40 | 显示全部楼层
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发表于 2020.8.7 18:39:30 | 显示全部楼层
没有DNA的SNP信息,转录组鉴定得到的SNP,难以区分到底是不是RNA编辑导致的。高端的转录组SNP分析,可以参考:Zhang, Lei et al. “RNA sequencing provides insights into the evolution of lettuce and the regulation of flavonoid biosynthesis.” Nature communications vol. 8,1 2264. 22 Dec. 2017, doi:10.1038/s41467-017-02445-9
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钵水母

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发表于 2020.8.7 22:00:11 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2020.8.12 17:54:50 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2020.8.12 18:06:50 | 显示全部楼层
我也想想知道,学习学习
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2020.8.16 10:35:26 | 显示全部楼层
Ivan 发表于 2020.8.7 18:39
没有DNA的SNP信息,转录组鉴定得到的SNP,难以区分到底是不是RNA编辑导致的。高端的转录组SNP分析,可以参 ...

谢谢
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帝王蝶

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发表于 2020.8.17 10:45:09 | 显示全部楼层
今天也是元气满满的一天啊!
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帝王蝶

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发表于 2020.8.17 21:25:21 | 显示全部楼层
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钵水母

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发表于 2020.8.18 15:44:17 | 显示全部楼层
了解一下
忙啊~~~~~~~~~~~
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发表于 2020.8.19 09:12:29 | 显示全部楼层
转录组测序便宜。但转录组的SNP不可靠。原因:
1)可变剪切的存在,导致比对假阳性高,SNP错误率高;
2)RNA编辑
另外,转录组对非编码区的覆盖比较少。

重测序各方面当然都更好,除了比较贵。
新的一天加油!
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