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[动植物重测序] 【提问】进行Structure分析时去除LD位点

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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.4.2 17:03:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    在论坛里面看到不少同学有做structure分析,我在网上也找了许多教程去学习,目前可以重复出这个流程,但是为什么要在过滤SNP的时候,将LD的位点进行过滤呢?如果不过滤,给自己的结果带来的影响会是什么啊?(我发现自己的数据集,在LD过滤后仅剩下一百多个位点,这样会不会导致结果差异过大呢?)
    求大神帮忙解惑,有咩有推荐的文章或者帖子可以让我拜读一下?
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.4.3 15:28:21 | 显示全部楼层
    我的理解,做群体结构分析时,为减小计算量。用LD进行过滤标记(LD内的标记可以用一个位点代替),这个说的是针对大量标记来说,如果你的标记数目少,感觉不过滤也没有问题?具体还是等大神解释。
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  • TA的每日心情
    吃饭
    3 天前
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    发表于 2019.4.4 08:51:29 | 显示全部楼层
    这要看你要就目的和材料,不以研究互作为主要目的,建议不要过滤
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  • TA的每日心情
    好棒
    2019.4.8 19:19
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     楼主| 发表于 2019.4.8 19:12:47 | 显示全部楼层
    本帖最后由 tpwang 于 2019.4.8 19:15 编辑
    wdp90125 发表于 2019.4.3 15:28
    我的理解,做群体结构分析时,为减小计算量。用LD进行过滤标记(LD内的标记可以用一个位点代替),这个说的 ...

    谢谢回复,第一天看没人回我以为就沉了。您说的挺有道理的,我也补一点个人理解哈,我觉得大量LD会使得群体结构成分过多且复杂,导致难以形成一个更为普遍的pattern,解释起来也不容易。如果是全基因组范围内的SNP进行Structure分析的话,LD还是有必要的。
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     楼主| 发表于 2019.4.8 19:17:38 | 显示全部楼层
    本帖最后由 tpwang 于 2019.4.8 19:18 编辑
    lierking 发表于 2019.4.4 08:51
    这要看你要就目的和材料,不以研究互作为主要目的,建议不要过滤

    谢谢回复。对您的回复不是太明白,可能研究的方向没有你具体。如果研究互作,是研究非LD区域的互作吗?你的意思是,LD区域内会造成互作检测的假阳性?ps:我最初想问的是群体结构中LD的影响,不过对您的回答也挺感兴趣。
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  • TA的每日心情
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    2018.5.28 08:55
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    [LV.3]偶尔看看II

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    发表于 2019.4.16 10:21:02 | 显示全部楼层
    按道理来说是需要过滤掉的,连锁位点在进行structure分析时,可以认为是一个位点,因为连锁的位点效果一样,而且冗余的信息对于准确的结果有一定的影响(以上为个人拙见)。在线课堂上周老师讲过这个问题,你可以看一下。
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  • TA的每日心情
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     楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
    zhan630950832 发表于 2019.4.16 10:21
    按道理来说是需要过滤掉的,连锁位点在进行structure分析时,可以认为是一个位点,因为连锁的位点效果一样 ...

    十分感谢!
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