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[R语言] 求助:pheatmap热图聚类后如何输出按聚类后顺序排列的基因...

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    发表于 2017.11.26 21:24:05 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    请教各位大神,R包pheatmap绘制基因表达量聚类热图时,除了输出图片外怎样才能输出按聚类后顺序排列的基因表达量列表??敬请各位大神不吝赐教!
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    发表于 2017.11.30 17:07:13 | 显示全部楼层

    热图输出排序代码

    # Create test matrix
    test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
    test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
    test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
    test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
    colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
    rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")
    aa=pheatmap(test,scale="row")  #热图,归一化,并聚类
    order_row = aa$tree_row$order  #记录热图的行排序
    order_col = aa$tree_col$order    #记录热图的列排序
    datat = data.frame(test[order_row,order_col])   # 按照热图的顺序,重新排原始数据
    datat = data.frame(rownames(datat),datat,check.names =F)  # 将行名加到表格数据中
    colnames(datat)[1] = "id"   
    write.table(datat,file="reorder.txt",row.names=FALSE,quote = FALSE,sep='\t')  #输出结果,按照热图中的顺序

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    发表于 2017.11.26 22:00:00 | 显示全部楼层
    帮顶啦。。。。
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     楼主| 发表于 2017.11.27 08:38:43 | 显示全部楼层
    xqywnx 发表于 2017.11.26 22:00
    帮顶啦。。。。

    谢谢
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    发表于 2017.11.27 09:37:16 | 显示全部楼层
    我也帮顶一个
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    发表于 2017.11.27 12:53:48 | 显示全部楼层
    不要沉,我也想问,求大神答疑解惑
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     楼主| 发表于 2017.11.27 15:28:35 | 显示全部楼层

    谢谢,顶起来
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     楼主| 发表于 2017.11.27 15:31:08 | 显示全部楼层
    pengzhen 发表于 2017.11.27 12:53
    不要沉,我也想问,求大神答疑解惑

    看来很多人都有这个疑惑,其实我还想知道热图上列的名称怎样可以设置成倾斜一定角度的形式(当列的名称较长时)!
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    发表于 2017.11.28 09:43:09 | 显示全部楼层
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    好棒
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    发表于 2017.11.30 13:19:08 | 显示全部楼层
    我也想知道
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     楼主| 发表于 2017.12.1 08:32:44 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2017.11.30 17:07
    这个问题,我来回答。我先整理一下代码,再发上来。

    谢谢周老师
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  • TA的每日心情

    2019.3.14 11:20
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    发表于 2017.12.28 17:10:44 | 显示全部楼层
    帮顶啦,不要沉
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    发表于 2018.3.5 10:47:49 | 显示全部楼层
    帮顶,我也想知道使用pheatmap画热图,列的名称怎样可以设置成倾斜一定角度的形式(当列的名称较长时)!
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    学习了。
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    发表于 2018.4.3 18:32:17 | 显示全部楼层
    66666顶起来
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    发表于 2018.9.14 20:35:27 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.3.16 13:20:34 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2017.11.30 17:07
    # Create test matrix
    test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
    test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, ...

    周老师,在这个基础上想再问您一个问题,如何导出层次聚类后的不同cluster基因结果?
    比如: pheatmap(data,cluster_rows = TRUE, cluster_cols = FALSE,
             show_rownames = FALSE,scale = "row",cutree_rows = 6, treeheight_row = 0)
    6个不同分类的结果如何这样导出?
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    发表于 2019.3.16 20:46:07 | 显示全部楼层
    还要表达量列表??原始数据不就是表达量吗
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    发表于 2019.3.17 19:30:04 | 显示全部楼层
    luokaikmt@163.c 发表于 2019.3.16 20:46
    还要表达量列表??原始数据不就是表达量吗

    没毛病,人家要的是重排后的cluster基因. 你理解错了
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