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课程-微生物群落多样性分析理论与实操

由于微生物群落内部、微生物与非生物环境、微生物与宿主之间存在都着复杂重要的关联,这种复杂的互作关系推动了微生物群落多样性研究在医学、环境科学、动植物等各个领域的广泛应用,并不断有微生物相关文章发表于顶级期刊。

本课程既包含基础理论,也有高级分析;既有单组学分析思路,也有多组学进阶提升策略;既有抽象概念,也有形象图形操作。共有19节课程,涉及丰富实用的概念和图形,以及R语言、STAMP、cytoscape等多种软件操作应用。

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开学推迟,学习不推迟!中小学已经开展了大规模的线上教学,咱们科研人员也不落下。基迪奥在线课堂推出了微生物系列课程,适宜小伙们在家夯实基础,进阶提升!

一 课程理论


   关于这些疑问,大家都可以在视频课程找到答案。   
1)微生物群落研究有哪些方法,如何设计实验,采集样本
2)扩增子测序和宏基因组测序有何异同,如何选择
3)微生物样本重复性不好,怎么办
4)如何构建微生物群落研究的论文框架
5)OTU是什么意思?为什么要进行OTU处理
6)alpha、beta多样性有何区别,有何应用价值
7)功能分析有哪些内容
8)如何开展环境因子关联分析
9)如何提高自己的微生物研究深度,挖掘数据价值
10)16S+宏基因组,16S+转录,16S+代谢的多组学如何关联
11)……

二 分析图形实操


除了丰富专业的理论学习,我们还基于R语言、STAMP、Cytoscape等软件演示了微生物群落多样性重要分析点的数据准备、分析操作、图形绘制,并在课程附件提供了所有软件、范例数据、分析绘图脚本,方便大家跟着视频动手操作练习、融汇贯通。
教学操作的分析点和图形如下:

图1 盒型图、稀释曲线

图2 基于Bray距离计算的PCoA散点图

图3 物种堆叠图和三元图

  

  

图4 物种维恩图和饼图

图5 指示物种STAMP分析

 

图6 热图和circos图

图7 CCA/RDA和mantel test散点图

图8 星号标记多组学相关性热图

图9 多组学网络图


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